Introducción: La educación en tiempos de pandemia, se convirtió en un reto para niños, niñas y adolescentes, padres de familia y docentes, donde la posibilidad de continuar con el sistema de enseñanza propició aspectos positivos y también negativos; además de la presencia de factores económicos, sociales, culturales, educativos y emocionales, mismos que causaron inestabilidad en el proceso de enseñanza-aprendizaje de los niños, niñas y adolescentes de las escuelas de educación básica del cantón Loja. Objetivo: La presente investigación planteó como objetivo identificar los factores que inciden en la deserción escolar, tras pandemia covid-19. Metodología: La metodología de la investigación aplicada en este estudio, fue mediante el trabajo de campo, utilizando un enfoque cuantitativo. Para la recopilación de información, se realizaron encuestas por medio de forms, a 31 padres de familia de estudiantes desertores y a 65 docentes entre todas las instituciones educativas. Resultados: Como resultado se obtuvo que los estudiantes desertaron del sistema educativo por factores como: padres con limitada escolaridad para la guía de actividades académicas, falta de motivación de padres a hijos, desinterés por parte de niño o adolescente para continuar con el proceso de aprendizaje, dificultad para adaptarse a los cambios, falta de empleo de progenitores, no manejar estrategias para la educación virtual, falta de apoyo y compromiso de progenitores o representantes legales, necesidades educativas especiales, malla curricular no responde a los interés y necesidades de los niños, falta de estrategias para mantener motivados a los niños y estados emocionales negativos como frustración, tristeza, ansiedad, irritabilidad y miedo. Conclusión: A raíz del inicio de la pandemia covid-19 se agudizo el fenómeno de la deserción escolar, en las instituciones de educación básica de la ciudad de Loja, reflejándose altos índices en todos los ciclos escolares a pesar de que se implementaron una serie de estrategias a nivel nacional.